Kolese Kanisius didirikan tahun 1927 oleh para Jesuit di Ibu Kota Jakarta. Nama Kanisius diambil dari nama Santo Petrus Kanisius yang merupakan seorang Pendiri Serikat Jesuit. Awalnya Kolese Kanisius menggunakan kurikulum dan pembagian jenjang kelas Belanda yang pada saat itu diberlakukan bagi sekolah-sekolah di seluruh Hindia-Belanda. Sejak awal Kolese Kanisius merupakan sekolah untuk laki-laki. Setelah kemerdekaan, Indonesia mulai dapat membuat undang-undang pendidikan yang pertama kali pada tahun 1952. Pada saat yang sama Kolese Kanisius mengikuti kurikulum nasional, dengan menyelenggarakan pendidikan SMP dan SMA. Sampai hari ini Kolese Kanisius merupakan sekolah Nasional Indonesia. Hal ini menunjukkan bahwa, Kolese Kanisius adalah bagian dari bangsa Indonesia.